在湘军的想法，他们之为淮军所扼，都由于两江总督不是“自己人”。同时亦认定金陵既由湘军所克服，两江总督理应由湘军统帅担任。当时的湖南人，一提到“老帅”，总说：“两江总督太细啦！”言下应该分茅列士，封王就藩才足以酬庸。如果“老帅”不在两江，自然是由“九帅”接任总督。在这样的情况下，任何人督两江，都自然而然地会被湘军视作眼中钉。尤其是马新贻，升迁调动的过程，看起来恰如天生是曾国荃的对头，以致结怨更深。
在仕途中，马新贻、曾国荃的荣枯，确是一个强烈的对照。同治二年，浙江巡抚左宗棠擢升闽督，以曾国荃继任，是遥领的一个虚衔，及至同治三年夏天，金陵克复，曾国荃大功告成，封了伯爵，应可到任了，不意却于九月间，因病免职，而由马新贻自安徽藩司升任。
同治五年正月，曾国荃复起，授为湖北巡抚，督抚同城，向来相克。曾国荃与鄂督官文不和，互相参劾，官文于是年十一月内召，去当他的本职文华殿大学士，暂署直督。但曾国荃亦于同治六年十一月去职。这是两败俱伤，却为李鸿章弟兄及马新贻制造了机会。其时曾国藩回任两江，李鸿章以钦差大臣的身份，主持剿捻。官文缺出，李鸿章实授鄂督。鸿章之兄瀚章为湖南巡抚，依回避之例，必得改调，而一时无缺，只好留在湖北为其老弟“看家”。
到了这年冬天，四川总督骆秉章出缺，以闽督吴棠继任。马新贻如左宗棠之例，由浙抚擢闽督，李瀚意继马而为浙抚。此正曾国荃黯然卸任之时。
同治七年七月，曾国藩调直督，两江竟由马新贻接替，闽督则以英桂实授。曾国荃不独未能到两江，连闽督亦轮不到。而中兴名将李鸿章开府武昌，左宗棠雄镇西陲，十月间且加衔太子太保，惟独曾国荃寂寞江乡，此情自所难堪。
马新贻原籍山东曹州菏泽，其地即水浒的梁山泊，民风强悍，铤而走险，视为常事。马新贻的个性，亦为刚直一流，对捕盗一事，格外致力，《清史稿本传》：
绍兴东塘，浚三江口，岐海为盗贼窟穴，遣兵捕治，擒其魁，厚于待土。会城诸书院皆兴复，士群至肄业，新贻皆视若子弟，优以资用奖励之。严州绍兴被水，蠲赈核实，灾不为害。台州民悍，动辄群聚械斗，新贻奏地方官惮吏议，瞻顾消弭，请嗣后有讳匿不报者，多处仅止失察，皆宽贷，仍责令捕治，下部议行。象山宁海有禁界地曰南田，方数百里，环海土寇邱财青等处窟其中，遣兵捕得财青，置之法，南田乃安。黄岩总兵刚安泰出海捕盗，为所戕，檄副将张其光等击杀盗五十余，上以新贻未能预防，下吏议。嘉兴湖州与苏州界，皆水乡，方乱时，民自卫，置枪于船，谓之枪船，久之聚搏行劫，为民害。新贻会江苏巡抚郭柏荫督兵斩其渠，及悍党数十，枪船害始除，擢闽浙总督。七年，调两江总督兼通商大臣，奏言标兵虚弱，无以壮根本，请选各营兵二千五百人屯江宁，亲加训练，编为五营，令总兵刘启发督率缉捕，盗为衰止。宿迁设水旱两关，淮关于蒋坝设分关，并为商民扰累。新贻奏蒋坝为安徽凤阳关辖境，淮关远隔洪泽湖，不应设为子口，当今淮关监督申明旧例，严禁需索；宿迁旱关非旧例，征数微，请裁撤，专收水关，从之。幅匪高归等在山东江苏交界，占民圩行劫，新贻捕诛其渠。
传中语多含蓄，其实马新贻，简练亲军的主要目的，即在对付散兵游勇，及骄恣不法的营伍。湘军久欲得之而后快。徐有得一案既发，恰好资以号召为借口。刺马的张汶祥，身世迄今成谜，但为湘军以重金募来的死士，则确凿无疑。刺马是否出于李朝斌的主谋，虽不可知，但为湘军一致决定的制裁行动，亦确凿无疑。此只看江宁将军魁玉，于案发后飞奏入朝，立即决定由直督曾国藩回任，即可想见情势之严重，非“老帅”坐镇，不足以了残局。
此外还有证据，可以说明刺马为湘军询谋佥同的一致决定。当凶手既逮，先发交首府及江宁、上元两县审问，张汶祥以预先想好的诬蔑马新贻贪色卖友的一套说词作供。两县令及首府相顾惊愕，竟不敢录供。
明知所供不实，但要取具实供，却很困难。因为“三木之下”，固然“无求不得”。但藩司梅启照及江宁府、江宁、上元两县心里无不雪亮，此时不知有多少人巴望能杀张汶祥灭口，如果一动了刑，正好授人以隙，狱卒动了手脚，报个“刑伤过重，瘐毙狱中”，不但责任甚重，而且也对不起马新贻。因此曾受马新贻知遇的臬司孙衣言，一力坚主刑讯，而始终未为梅启照所接受。
其时疆臣如安徽巡抚英翰，京官如给事中王书瑞，都为马新贻不平，纷纷上奏，或则曰：“请严诘主使之人，以遏诡谋”；或则曰：“请添派亲信大臣，彻底根究”，否则“疆臣且人人自危”。意在言外，都认为此案别有内幕。
于是朝旨指派漕连总督张之万查办。上谕是一道严命：
着该督驰赴江宁，会同魁玉，督饬司道各员，将该犯设法熬审，务将其中情节，确切研讯，奏明办理。
紧接着另有一道密旨，说“此事案情重大，断不准存化大为小之心，希图草率了事。”张之万虽为状元，素无作为，而且胆子极小，他是漕督，自然知道“漕帮”，与太湖水师营中的哨官、勇丁，关系密切。倘或遵旨办理，颇有成为马新贻第二的可能。为此，一直拖延着不肯启程，无奈朝旨督催，江宁将军魁玉又来护驾，拖无可拖，只好硬着头皮动身。
张之万在路上还出了个笑话。他是漕标水陆两兵的营勇保护了去的，终朝闷在船舱中，不敢露面。有天傍晚，船泊瓜洲，红蓼白，风景绝佳。张之万闷了好几天，忽然想上岸走走。闲眺了一会，忽然内急，就近找了个茅厕方便，又怕此时恰恰遇到刺客，便由漕标参将，带领两百亲兵，提刀持枪，团团将茅厕围住。田野中，正在收割稻子的老百姓，不知出了何事，奔走相告，惊惶万分。细一打听，才知道是“保护漕帅张大人出恭”。笑话就此传了开去，而风鹤之惊为何如，亦就不难想像了。
到得江宁，张之万才知道自魁玉以下，地方大员分成两派，除了孙衣言之外，马新贻的营务处总办候补道袁保庆，亦主严办。袁保庆为袁甲三的胞侄，袁世凯的叔父，对马新贻不仅有知遇之感，事实上平日抓散兵游勇，都由袁保庆下令执行，因而对马新贻的被刺，别有一份歉疚，亟盼能够审出真相，为马新贻报了仇，也略减他的内疚。
除此以外，都主张息事宁人。这一派的主张，最后终于占了上风。
魁玉与梅启照出的主意是，为张汶祥编造一套假口供，说马新贻在浙江巡抚任内，捕治浙东海盗，伏法者多为张汶祥的好友，以张汶祥到宁波开小押当为生，适逢马新贻出告示严禁重利盘剥，查禁小押当，生计顿绝。再则张汶祥之妻背夫潜逃，人虽追回，衣物已为奸夫带走，具呈控告，马新贻认为此是小事，不应烦渎大宪，状子不准。以此种种结怨，乃下手行刺。
这套假口供如此编造，一方面是要隐瞒真相，以免在风声鹤唳、十户九闭的江宁城中，激出大乱；一方面也是希望借此洗刷马新贻的名誉，用心不为不苦，无奈不易为人置信。所以钦差张之万与魁玉会衔的奏折到京，清议大哗，要求另派大臣，严究其事。
于是两宫皇太后召见军机以后，下了一道“明发上谕”：
马新贻以总督重臣，突遭此变，案情重大。张汶祥所供挟报各节，即龙启等指使情事，恐尚有不尽不实；若遽照魁玉等所拟，即正典刑，不足以成信谳。前已有旨，令曾国藩于抵任后，会同严讯，务得确情。着再派郑敦谨驰驿前往江南，会同曾国藩将全案人证，详细研鞫，究出实在情形，从严侦办，以伸国法。随带司员，着一并驰驿。
指派郑敦谨是经过慎重考虑的，第一，他是刑部尚书，正好管着这件案子；第二，他是湖南长沙人，由他来主审，湘军不会不服；第三，他跟曾国藩是乡试同年，一向交好，必能和衷共济；第四，也是最要紧的，郑敦谨的刑部尚书，做得响当当名声极好，此案由他手里定谳，必能压服人心。
上谕是十二月初下的，郑敦谨在部里秋审处挑了两名好手，在急景凋年中驰驿南下，到江宁的那天，正逢除夕。其时曾国藩已经接任，把老同年请到总督衙门度岁，开门见山地相告，此案不能认真。因为天津教案刚刚结束，洋人不尽满意。倘或再激出变故，授人以隙，大局堪虞。
另一方面，孙衣言、袁保庆则力主严办。马新贻的胞弟浙江候补知县马新佑，则在年初二那天，带着他的过继给马新贻的儿子毓桢，披麻戴孝，跪在钦差行辕大门前，放声痛哭，求钦差伸冤。在这样左右为难的情况下，郑敦谨听从司员的建议，札委孙衣言、袁保庆会审，用意当然是要他们分担定谳以后的后果。
其时公堂上尚未开审，而舞台上却已作了判决。原来上海丹桂茶园，已排了一出新戏，即名“刺马”，情节完全根据张汶祥初次所供，马新贻如何贪色卖友，再加上许多渲染，绘声绘影，大致后来平江不肖生在《江湖奇侠传》中的描写，即系根据此戏而来。
这就奇怪了！张汶祥的初供，江宁府及上、江两县竟不敢笔录。即或录供，亦是附卷的密件，何能流传在外，资为戏剧材料？同时，两江总督等于主宰东南半壁，起居八座，威势赫赫，即或丹桂茶园主事者及演此新剧的伶人，能以租界暂作庇护，但岂能不顾虑到，一出租界，落入逻卒手中，两江总督杀几个人算不了一回事，而敢冒此大不韪？
于此不难想像，丹桂园排演“刺马”，必然有人在撑腰，大背景是湘军，小背景是漕帮。漕帮即是所谓“清帮”，依照帮中“家法”，只有“扫清码子”——理发匠不能“进门槛”，即被摒于“山门”以外。因为在理论上说，漕帮以反清复明为宗旨，而理发匠当清兵入关剃发令下时，为虎作伥，不剃发者，即时可以斩首示众。旧时的剃头挑子，一面是一张凳子形的小柜，上面坐顾客，柜中置放“吃饭家伙”；一头是一座小行灶，上架面盆，烧着热水，面盆之上是一具小小的旗杆，即为当时斩首示众的遗迹。由于立场的敌对，所以漕帮不纳理发匠。
实际上这是门面话。漕帮当初订立帮规、家法时，颇有高人参预。有许多“秘诀”隐藏不露，漕帮摒拒理发匠的真正原因是，为了保持秘密。因为理发匠执业时，必与顾主谈论新闻，没话找话，罔识忌讳，倘入“门槛”，则将无机密可言。所以找个很正大的理由，彻底排除。“民可使由之，不可使知之”，创立漕帮者对此原则的运用，有些地方真是到了化境。
但漕帮不拒伶人，尤其是江南的“水路班子”，沿一条运河卖艺，与漕帮有密切关系。太湖水师营与漕帮亦同是“靠水吃水”，所以水师营官兵入帮者极多，这样，间接策动“水路班子”，打一出“刺马”的新戏出来，是很容易办到的事。